Aunjanue Ellis először az ABC díjnyertes „The Practice” c. Tv-sorozatában hívta fel magára a közönség figyelmét. Azóta olyan nagynevű sorozatokban játszott, mint a „Harmadik műszak”, a „100 Centre Street”, „Esküdt ellenségek: Bűnös szándék” és a”Gyilkos számok”.  Jerry Bruckheimer két sorozatban is osztott neki szerepet: az NBC „Titkos küldetés” c. sorozatában Benjamin Bratt és Dennis Hopper mellet, majd pedig a FOX „Justice” c. sorozatában Victor Garber oldalán.  
Elli filmes szerepei többek között Nicole Holofcener Lovely and Amazing c. filmje, Eddie Griffin Téglatesó c. vígjátéka,  A bűn színe Julianne Moore és Samuel L. Jackson oldalán és a Férfibecsület c. film Robert DeNiro, Cuba Gooding Jr., és Charlize Theron oldalán.  Ezidáig talán leghíresebb mozifilmszerepe az Oscar-díjas Ray egyik szerepe volt Jamie Foxx oldalán.
Tavaly Aunjanue főszerepet játszott Bill Duke filmjében, a Cover-ben a 20th Century Foxnál. Idén Karácsonykor látható az Universal futballista drámájában, a „The Express” c. filmben és cameo szerepe van Jim Carrey oldalán a I Love You Phillip Morris c. vígjátékban.